pdb2pqr (14 April 2004)
index
/home/todd/release/pdb2pqr/pdb2pqr.py

Driver for PDB2PQR
 
This module takes a PDB file as input and performs optimizations
before yielding a new PDB-style file as output.
 
Ported to Python by Todd Dolinsky (todd@ccb.wustl.edu)
Washington University in St. Louis
 
Parsing utilities provided by Nathan A. Baker (baker@biochem.wustl.edu)
Washington University in St. Louis

 
Modules
            
getopt
math
os
random
string
sys
time
 
Functions
            
acos(...)
acos(x)
 
Return the arc cosine (measured in radians) of x.
asin(...)
asin(x)
 
Return the arc sine (measured in radians) of x.
atan(...)
atan(x)
 
Return the arc tangent (measured in radians) of x.
atan2(...)
atan2(y, x)
 
Return the arc tangent (measured in radians) of y/x.
Unlike atan(y/x), the signs of both x and y are considered.
ceil(...)
ceil(x)
 
Return the ceiling of x as a float.
This is the smallest integral value >= x.
cos(...)
cos(x)
 
Return the cosine of x (measured in radians).
cosh(...)
cosh(x)
 
Return the hyperbolic cosine of x.
exp(...)
exp(x)
 
Return e raised to the power of x.
fabs(...)
fabs(x)
 
Return the absolute value of the float x.
floor(...)
floor(x)
 
Return the floor of x as a float.
This is the largest integral value <= x.
fmod(...)
fmod(x,y)
 
Return fmod(x, y), according to platform C.  x % y may differ.
frexp(...)
frexp(x)
 
Return the mantissa and exponent of x, as pair (m, e).
m is a float and e is an int, such that x = m * 2.**e.
If x is 0, m and e are both 0.  Else 0.5 <= abs(m) < 1.0.
hypot(...)
hypot(x,y)
 
Return the Euclidean distance, sqrt(x*x + y*y).
ldexp(...)
ldexp(x, i) -> x * (2**i)
log(...)
log(x) -> the natural logarithm (base e) of x.
log10(...)
log10(x) -> the base 10 logarithm of x.
mainCGI()
Main driver for running PDB2PQR from a web page
mainCommand()
Main driver for running program from the command line.
modf(...)
modf(x)
 
Return the fractional and integer parts of x.  Both results carry the sign
of x.  The integer part is returned as a real.
pow(...)
pow(x,y)
 
Return x**y (x to the power of y).
printHeader(atomlist, reslist, charge, ff, warnings)
Print the header for the PQR file
 
Parameters:
    atomlist: A list of atoms that were unable to have
              charges assigned (list)
    reslist:  A list of residues with non-integral charges
              (list)
    charge:   The total charge on the protein (float)
    ff:       The forcefield name (string)
    warnings: A list of warnings generated from routines (list)
Returns
    header:   The header for the PQR file (string)
runPDB2PQR(pdblist, verbose, ff, debump, hopt, hdebump, watopt, hbond)
Run the PDB2PQR Suite
 
Parameters
    pdblist: The list of objects that was read from the PDB file
             given as input (list)
    verbose: When 1, script will print information to stdout
             When 0, no detailed information will be printed (int)
    ff:      The name of the forcefield (string)
    debump:  When 1, debump heavy atoms (int)
    hopt:    When 1, run hydrogen optimization (int)
    hdebump: When 1, debump hydrogens (int)
    watopt:  When 1, optimize water hydrogens (int)
Returns
    header:  The PQR file header (string)
    lines:   The PQR file atoms (list)
sin(...)
sin(x)
 
Return the sine of x (measured in radians).
sinh(...)
sinh(x)
 
Return the hyperbolic sine of x.
sqrt(...)
sqrt(x)
 
Return the square root of x.
tan(...)
tan(x)
 
Return the tangent of x (measured in radians).
tanh(...)
tanh(x)
 
Return the hyperbolic tangent of x.
usage(rc)
Print usage for this script to stdout.
 
Parameters
    rc:  Exit status (int)
 
Data
             AAFILE = 'AA.DAT'
AAS = ['ALA', 'ARG', 'ASN', 'ASP', 'CYS', 'GLN', 'GLU', 'GLH', 'GLY', 'HIS', 'HID', 'HIE', 'HIP', 'HSD', 'HSE', 'HSP', 'ILE', 'LEU', 'LYS', 'MET', ...]
AMBER_FILE = 'AMBER.DAT'
BACKBONE = ['N', 'CA', 'C', 'O', 'O2', 'HA', 'HN', 'H', 'tN']
BONDED_SS_LIMIT = 2.5
BUMP_DIST = 2.0
BUMP_HDIST = 1.5
CELL_SIZE = 2
CHARMM_FILE = 'CHARMM.DAT'
DIHEDRAL = 57.2958
HYDRO_BONDCOORDS = [[7.5810000000000004, 2.0899999999999999, 12.506], [6.4580000000000002, 2.1619999999999999, 13.159000000000001], [5.1449999999999996, 2.2090000000000001, 12.452999999999999]]
HYDRO_COORDS = [6.476, 2.1859999999999999, 14.159000000000001]
LARGE_TORSION_ANGLE = 1000.0
LIMIT = 500.0
LOADPATH = '/proc/loadavg'
LOCALPATH = '/home/todd/public_html/pdb2pqr/'
LOGPATH = '/home/todd/public_html/pdb2pqr/log/pdb2pqr.log'
NAFILE = 'NA.DAT'
NAS = ['A', 'A5', 'A3', 'C', 'C5', 'C3', 'G', 'G5', 'G3', 'T', 'T5', 'T3', 'U', 'U5', 'U3']
NTERM2_COORDS = [-24.001000000000001, 50.223999999999997, -22.225999999999999]
NTERM3_COORDS = [-24.869, 48.845999999999997, -22.77]
NTERM_COORDS = [[-24.196000000000002, 48.789999999999999, -20.800000000000001], [-25.552, 49.881, -21.847999999999999], [-24.645, 49.491, -22.007000000000001]]
OXT_COORDS = [-1.5289999999999999, 1.8580000000000001, 0.69499999999999995]
PARSE_FILE = 'PARSE.DAT'
PEPTIDE_DIST = 1.7
PEP_TRANS_CA = [-2.3130000000000002, 2.7839999999999998, 1.0229999999999999]
PEP_TRANS_N = [-1.252, 1.877, 0.88300000000000001]
REFATOM_SIZE = 3
REFRESHTIME = 20
REPAIR_LIMIT = 10
ROTAMERFILE = 'ROTAMER.DAT'
SMALL = 9.9999999999999995e-08
STYLESHEET = 'http://agave.wustl.edu/css/baker.css'
TMPDIR = 'tmp/'
WEBSITE = 'http://ocotillo.wustl.edu/~todd/pdb2pqr/'
__author__ = 'Todd Dolinsky, Nathan Baker'
__date__ = '14 April 2004'
__file__ = './pdb2pqr.pyc'
__name__ = 'pdb2pqr'
e = 2.7182818284590451
pi = 3.1415926535897931
 
Author
             Todd Dolinsky, Nathan Baker