protein (14 November 2003)
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/home/todd/release/pdb2pqr/protein.py

Routines for PDB2PQR
 
This module contains the protein object used in PDB2PQR and associated
methods
 
Todd Dolinsky (todd@ccb.wustl.edu)
Washington University in St. Louis

 
Modules
            
string
sys
 
Classes
            
Protein
 
class Protein
      Protein class
 
The protein class represents the parsed PDB, and provides a
hierarchy of information - each Protein contains a list of Chain
objects as provided in the PDB file.  Each Chain then contains its
associated list of Residue objects, and each Residue contains a list
of Atom objects, completing the hierarchy.
 
   Methods defined here:
__init__(self, pdblist)
Initialize using parsed PDB file
 
Parameters
    pdblist: List of Classes of PDB lines as created
             by pdb.py->readPDB
createProtein(self, pdblist)
Fill the Protein with chains, residues, and atoms
 
Parameters
    pdblist: List of Classes of PDB lines as created
             by pdb.py->readPDB (list)
Returns
    dict:    Mapping of chain ID to chain object
    list:    List of chain objects sorted by chain ID (dict)
getAtoms(self)
Return all Atom objects in list format
 
Returns
    atomlist:  List of Atom objects in the protein (list)
getChains(self)
Get the chains object
 
Returns
    chains: The list of chains in the protein (chain)
getCharge(self)
Get the total charge on the protein
NOTE:  Since the misslist is used to identify incorrect
       charge assignments, this routine does not list the
       3 and 5 termini of nucleic acid chains as having
       non-integer charge even though they are (correctly)
       non-integer.
Returns:
    misslist: List of residues with non-integer
              charges (list)
    charge:   The total charge on the protein (float)
numAtoms(self)
Get the number of atoms for the entire protein(including
multiple chains)
 
Returns
    count:  Number of atoms in the protein (int)
numResidues(self)
Get the number of residues for the entire protein (including
multiple chains)
 
Returns
    count:  Number of residues in the protein (int)
printAtoms(self, atomlist)
Get the text for the entire protein
Parameters
    atomlist: The list of atoms to include (list)
Returns
    text:     The list of (stringed) atoms (list)
reSerialize(self)
Generate new serial numbers for atoms in the protein

Data and non-method functions defined here:
__doc__ = '\n Protein class\n\n The protein clas... of Atom objects, completing the hierarchy.\n '
__module__ = 'protein'
 
Data
             BACKBONE = ['N', 'CA', 'C', 'O', 'O2', 'HA', 'HN', 'H', 'tN']
__author__ = 'Todd Dolinsky'
__date__ = '14 November 2003'
__file__ = './protein.pyc'
__name__ = 'protein'
 
Author
             Todd Dolinsky